沙田站部份乘客不滿行程受阻，與職員理論，要求港鐵提供穿梭巴士或協助他們截的士。 1993年4月27日，當時未與九廣鐵路合併的地鐵公司，曾發生全球首宗脫卡意外。 事發時，一列荃灣綫載客列車由荃灣站駛往大窩口站途中，一個車卡的連接器鬆脫，導致最後3卡車廂與前面車卡分離，失去動力後停在隧道內。 但車長未察覺列車脫卡繼續行駛，駛至大窩口站時，經月臺職員通知才揭發事故。 幸好當時沒有乘客站在車卡與車卡中間，所以沒有人命傷亡。
- 隨著位於將軍澳南，鄰近將軍澳車廠的全新大型物業發展區日出康城入夥，港鐵於2009年7月26日正式開放康城站，而之前單純用來讓空車往返將軍澳車廠和將軍澳站、長達3.5公里的路軌亦開始負責康城站至沿線各站的客運服務。
- 1月21日，工會召開會員大會，列車司機認為在車站方面前車可鑑，即使與管理層談判亦是白費心機的，會議通過採取工業行動，即時生效。
- 此路線在2002年加入低地臺服務，派出富豪超級奧林比安12米（3ASV）服務此路線，使金山一段大埔公路首現固定低地臺巴士服務。
- 所有合資格學生使用「學生身分」個人八達通，可於港鐵本地服務（包括輕鐵及港鐵巴士（新界西北））全綫享有特惠車費，但不包括機場快綫、港鐵接駁巴士、往返羅湖站或落馬洲站的車程及東鐵綫頭等額外費。
- 2019年8月25日凌晨0時25分，東鐵綫大埔墟站附近的一座架空電纜因塌樹受損，暫停火炭站至上水站之間服務，期間分別有一列往紅磡列車及一列往上水列車停在該路段，未能繼續行程。
- 另一方面，18號綫在前期規劃中，本站亦作為該綫的始發站之一，經番禺前往南沙萬頃沙。
免費港鐵接駁服務包括羅湖及落馬洲站，但不適用於輕鐵、港鐵巴士及東鐵綫頭等。 如使用市區預辦登機服務，免費港鐵接駁服務只適用於前往市區預辦登機服務之前一程港鐵車程。 乘客只須以同一張備有可用票值之八達通，並於1小時內於香港站、九龍站或青衣站轉乘至機場快綫或任何港鐵之車程，即可享免費港鐵接駁服務（如途經尖沙咀站或尖東站轉綫，必須於30分鐘內完成）。 免費港鐵接駁服務包括羅湖站及落馬洲站，但不適用於輕鐵、港鐵巴士、港鐵接駁巴士)及東鐵綫頭等額外費。 在觀塘綫延伸至鰂魚湧站前，往返港島區及九龍區的地鐵路線則只有荃灣綫，金鐘站作為當時港島區唯一的轉車站，轉車人流極高。
四綫轉乘: 乘客站內飲水遭警告事件
港鐵也是全球首個引入第三代流動通訊（3G）及Wi-Fi無線上網的鐵路系統，乘客可於車站及列車上使用流動電話、電子手帳等瀏覽互聯網或高速傳輸數據。 有別於世界各大地鐵系統，當時的前地鐵基於衛生及安全理由，除了機場快綫及迪士尼綫之外，大部份車站均不設洗手間設施，對乘客不便。 現時乘客如有需要，可向職員提出，由港鐵職員帶領下使用職員洗手間。 相反地，前九鐵的各個車站在興建時已包括洗手間設施（不包括馬場站），所以在2007年討論兩鐵合併時，有立法會議員建議港鐵在其原來路綫的車站加建洗手間。 四綫轉乘2025 相隔9年，港鐵才表示在7個轉線車站陸續添置洗手間，爭取在2020年前完成。
慕尼黑-新佩拉赫南站是慕尼黑地鐵和慕尼黑城市快鐵的結合車站原初計劃在兩個方向都興建跨月臺轉乘。 然而慕尼黑城市快鐵在該處仍為單綫鐵路，故此只能作為慕尼黑地鐵5號綫與慕尼黑城市快鐵7號綫進城方向的跨月臺轉乘。 四綫轉乘 四綫轉乘 8號綫建成通車後，將在西津橋站和唐莊站與3號綫跨月臺轉乘。
四綫轉乘: 機場快綫港鐵接駁轉乘優惠
2011年8月3日早晨上班繁忙時間，港島綫天后至金鐘段出現電力跳掣，列車由銅鑼灣站開往灣仔站途中，電力系統突然故障跳掣，近車尾底部傳來一聲巨響，繼而有煙冒出，列車隨即停下，車內電力則告中斷，後備電力啟動，提供基本照明及開動抽氣機。 四綫轉乘2025 列車跳掣後，觸動電力保護裝置，使天后站至金鐘站供電系統亦跳掣，未能向列車提供電力，港鐵隨即檢查沿線列車情況，發現除跳掣列車故障外，尾隨其後正駛近銅鑼灣站的列車亦有故障。 合共造成2,000多名乘客被困在無冷氣車廂10多分鐘，服務受阻逾20分鐘，多個港鐵站擠滿乘客，逾萬人受影響。
- 南港島綫為《2007至2008年度香港行政長官施政報告》中的十大基建之一，它由金鐘站起連接南區，除擴建金鐘站外，共興建4個新車站：海洋公園站、黃竹坑站、利東站和海怡半島站，解決南區的交通擠塞問題。
- 工作日早晚繁忙時間班次為2.5分至4分鐘一班，非繁忙時間班次則為5.25分鐘一班。
- 直至翌年3月，港鐵方公開調查報告，但仍拒絕就此事而道歉。
- 以屯馬線全段車程需時73分鐘計算，來回已需約146分鐘，假如連同步行或往洗手間時間，可能超出150分鐘，希望體驗屯馬線「遊車河」的市民，需加多留意。
- 經過設計方案論證，最終於2004年12月30日動工興建。
東鐵綫過海段最快本月15日可通車，全港交通即將「大執位」。 邨巴業界慨嘆，鐵路版圖打通全港東西南北，邨巴已經「冇得做」，恐被淘汰。 而市民最關心的是，在哪一個車站、以哪一種方法過海最方便。 有立法會議員表示，東鐵綫過海段只可使用九卡列車，轉車時勢必更擠迫，金鐘站更成為「四綫歸一」的超級轉車站，人流可想而知。 轉乘優惠受香港鐵路有限公司的條款及細則、營運商與政府之間的商業安排、現行監管規定及可能不時適用於香港鐵路有限公司、營運商及政府可能決定的轉乘優惠的任何其他安排所約束。
四綫轉乘: 大堂及月臺設施
，也供8號綫和9號綫跨月臺轉乘，當中9號綫使用內側軌道而8號綫使用外側軌道，北端的島式月臺服務西行列車，南端月臺服務東行列車。 維也納地鐵在倫根費爾德斯站設有4號綫與6號綫的跨月臺轉乘站，並設有列車同步。 2號綫延長以前與4號綫共用月臺層，2號綫月臺位於中央而4號綫月臺位於兩側。 起初設月臺層計劃用作合併2號綫與4號綫，並設有兩個島式月臺和4條軌道，但在2號綫延長後已經將兩個月臺合併。 可與7號綫跨月臺轉乘，4號綫可在諾倫多夫廣場站與1號綫和3號綫跨月臺轉乘，2號綫維滕貝格廣場站可與3號綫與出城方向的1號綫提供跨月臺轉乘。 四綫轉乘 長春軌道交通3號綫與4號綫可在偽滿皇宮站進行順向同層分離島式跨月臺轉乘。
四綫轉乘: 輕鐵
1985年5月31日，當金鐘站成為地鐵荃灣綫及港島綫的轉車站之後，車站的月臺地板是採用兩種不同的顏色原料設計。 荃灣綫月臺地板顏色為灰白色；而港島綫月臺地板顏色則為深灰色，因此在同一層月臺設有兩款不同的地板顏色亦是金鐘站的一大特色。 但是由於其月臺地板開始呈現老化，因此港鐵決定將金鐘站的月臺地板更換。 有關工程已在2014年11月11日展開，並已於2015年5月27日完工。 翻新後，月臺的地板顏色由原先的灰白色和深灰色變為現時的統一全白色的顏色原料設計。 自2016年南港島綫啟用後，金鐘站成為三綫轉乘樞紐車站，轉乘人流因而進一步增加，在平日繁忙時間乘客須等候兩班列車或以上才能上車的情況亦非罕見，並且月臺亦經常出現擠迫情況。
四綫轉乘: 屯門南延線及洪水橋站
2019年10月5日，港鐵宣佈全線全日繼續暫停服務，該日下午2點半起僅維持機場快綫香港站及機場站兩站服務。 港島綫列車於9時20分回復正常，但到早上10時20分，將軍澳綫亦出現信號系統故障到下午1時才完成緊急維修。 2017年5月18日下午約3時，東鐵綫紅磡站至旺角東站的一座架空電纜力裝置斷裂，起初暫停紅磡站至沙田站之間服務。 公眾認為兩鐵合併後會為乘客帶來更高效率的服務，但不少調查均指自合併以來，港鐵服務延誤個案有上升之勢。 《文匯報》的調查指港鐵的延誤由2008年的240宗，逐步增至2010年278宗，上升近一成六，2011年錄得300宗延誤事故。
四綫轉乘: 巴士轉乘優惠
而月臺各個車站在1979年地鐵通車時安裝雷達（RADO）時鐘，方便乘客。 不過到2020年，港鐵指相關公司的合約已經完結為由，決定陸續清拆已損壞的時鐘。 港鐵設有不同的推廣月票，包括屯門－南昌全日通、上水／烏溪沙－尖東全月通加強版、屯門－南昌全月通加強版、屯門－紅磡全月通加強版、東湧－香港全月通加強版及東湧－南昌全月通加強版。 四綫轉乘 除上水／烏溪沙－尖東全月通加強版可與屯門－南昌全月通加強版或屯門－紅磡全月通加強版編錄於同一張八達通內之外，其餘全月通均不能編錄於同一張八達通內。 港鐵建議乘客如需前往較繁忙的車站，如中環、尖沙咀、尖東、旺角及旺角東等車站時，或前往馬場站前（因該站不設售票機，如需購票即需在客務中心排隊購買），可預先多購一張車票作即日回程之用。 四綫轉乘 民建聯新界西南議員陳恆鑌指出，新東鐵綫採用九卡列車，比現時的12卡列車少，繁忙時間車廂勢必更擠迫，港鐵早前承諾會在繁忙時段增加班次，但受制於列車的接載量，市民隨時「等多一班車」纔可成功過海。
四綫轉乘: 市民不察覺 港鐵不會主動賠償
金鐘站自1985年港島綫通車以來，一直是人流最多的車站之一。 每次平日繁忙時間轉乘人流極高，乘客往往要輪候多班列車才能登車，月臺擠迫情況非常嚴重。 金鐘站東面近夏慤道一側（位於南港島綫月臺北端上方），設有一座由港島綫及荃灣綫共用的牽引變電站（名為「金鐘變電站」），由香港電燈管轄，為沿綫車站及兩綫列車供電；當中，該變電站亦設有一條電纜隧道，負責為港島綫的架空電纜供電。 以由其他市區綫調動列車往港島綫為例，列車會在進入該站荃灣綫4號月臺時通知乘客，同時於該月臺西端的紅藍訊號燈上的白色「SCS訊號燈」將會亮起。 然後該列車會由該站荃灣綫的4號月臺駛進該站的金鐘側綫進行調頭及調度。 四綫轉乘 之後列車會駛進車站的港島綫3號月臺接載乘客或不載客前往柴灣車廠；相反，當須從港島綫調動至荃灣綫的列車於抵達金鐘站時港島綫的2號月臺時會通知乘客，同時於該月臺西端的紅藍訊號燈上的黃色「SD訊號燈」將會亮起。
四綫轉乘: 四綫轉乘
服務延誤逾一小時的嚴重事故亦持續發生，2008年累計至2011年9月底已有17宗。 同時爲了配合廣深港高鐵香港段的開通，香港特別行政區政府委託港鐵公司招標採購高速動車組，經過一系列招標程序後，最終批出由中車青島四方機車車輛承造高鐵列車。 高鐵香港段原定預計於2015年竣工及通車，後來延至預計於2016年竣工、並以2017年年底通車為目標，但因工程嚴重延誤而延遲至2018年9月23日通車。 高鐵香港段通車後，成為香港繼城際直通車（廣九鐵路）後，第二條跨境鐵路。 279B經：和泰街、和睦路、粉嶺樓路、馬適路、馬會道、百和路、龍琛路、龍運街、新運路、龍琛路、龍運街、新運路、掃管埔路、雞嶺迴旋處、粉嶺公路、新田公路、青朗公路（大欖隧道）、屯門公路、荃灣路、興芳路及葵興站通道。 現時，本路線使用19輛亞歷山大丹尼士Enviro 500 MMC (4輛12米ATENU、7輛12.8米3ATENU及8輛12.8米E6X) 雙層空調巴士。
四綫轉乘: 車站佈置
深圳地鐵18號綫將在此處設站，與既有車站通過事先預留的轉乘節點實現T型節點轉乘。 目前深圳地鐵18號綫部分已納入深圳市城市軌道交通第五期規劃，但途徑本站部分並未納入，為遠期路綫。 【721遊行】港鐵金鐘站大堂CCTV提早貼膠膜 港鐵：7月初被噴黑油，《香港01》，2019年7月20日。 2016年12月28日南港島綫通車前稱海洋公園巴士站（Bus to Ocean Park），配合海洋公園站啟用而改為現名。