雖然大部分東鐵綫全綫車站洗手間已經在2015年至2016年翻新，廁所都只提供座廁，但是東鐵綫少部分廁所設計非常狹窄和使用率甚高，引致部分廁所衛生問題日益嚴重，結果有時廁所臭氣沖天情況間中出現惡化。 然而有有綫新聞的記者進行實測後，發現往返上述兩站需時約21分鐘[125]。 往落馬洲站的班次佔全綫的三分之一，但較少人乘搭；往羅湖站的班次被分薄，導致每班列車更多人。 由於東鐵綫大部分路段屬於露天路段，讓不少九龍中及新界東居民飽受噪音騒擾，其後經九鐵、區議會與環境保護署據理力爭，隔音屏障才能於1991至2001年期間開始裝設[108]。 根據港鐵向香港立法會提交的文件披露，本綫最繁忙時段載客率在2014年與2015年分別為約100%及約93%[76]，而2016年同樣為約93%[77]（以車廂每平方米站立4人計算），而東鐵綫最繁忙路段為九龍塘站至大圍站。
每個維修車廠除了負責為相應行車綫的電動車組提供電力外，亦設有停車設施、洗車設施與預防及糾正性維修設施，例如更換重型設備時用的起重及頂升設備。 除南港島綫、迪士尼綫列車外，其他均為「6M2T」編組；至於南港島綫、迪士尼綫，為全動力車卡，即「3M」、「4M」。 8月23日晚上8時，逾21萬人牽手築起香港之路，港鐵於9時關閉葵芳站。 由於不少車站都有上面的設施或商店，遂成為等候親友的主要地標。 例如相約朋友到「尖地恆」，意思就是在尖沙咀站的恒生銀行見面。 港鐵市區綫的單程票是一種智能車票，只須在讀卡器上啪一下至聽到嘟聲便可入閘，而附有磁帶的車票[33]亦已經在2014年3月19日停用。
鐵行裡: 月台閘門
東鐵綫沿綫大部分均為地面路段，而且是大部份車站未有設置月台幕門／閘門的路綫（除了紅磡站、會展站、金鐘站已經安裝月台幕門之外），因此不時出現跳軌自殺事件，或有乘客非法橫過路軌前往對面月台，導致列車服務受阻。 根據港鐵2008年統計數字顯示，上水站之檢控衝閘數字為東鐵綫其他車站（不包括羅湖站）的100倍以上，即每年約過萬宗，平均每日約有30宗於該站發生，每宗成功檢控個案背後亦涉及多於一人犯案，包括水貨客孔武有力之同黨[118]。 8月25日早上8時25分，上游城門水塘溢出的洪水夾集著沙石，將橫跨城門河的11號橋橋躉沖毀，一隊鐵路職工剛巧路過，即時通報上級，將鐵路封閉。 封閉期間，鐵路分為紅磡至大圍、沙田至羅湖兩段，之間乘客需靠巴士接駁，當局在大圍搭建臨時車站，是為第一代的大圍站，而大圍站後來於1986年正式投入服務。 貨運方面，牲口轉往和合石站，蔬菜及雞蛋轉往粉嶺站，其他貨車則分別轉往何東樓車廠或大埔滘站。 當時香港依賴鐵路從中國大陸進口糧食，當局對此極為關注，港督亦有親臨現場視察。
- 因應屯馬綫發展以及受限於新建和擴建車站的長度（前馬鞍山綫各站、顯徑至紅磡及柯士甸站月台設計長度只有8卡)，西鐵綫於2016年至2018年間把原有28列7卡編組列車擴編成8卡編組列車行走。
- 而過海段通車後的首個工作日，有乘客指站內人流有明顯增加，乘客須等候2至3班車才能登車。
- 1910年10月1日，九廣鐵路－英段開通，由九廣鐵路局管理。
- 而港鐵亦宣佈由2021年1月起為進行過海段路軌接駁工程，會在十個指定週日暫停紅磡站與旺角東站之間的列車服務，至2021年10月已完成6次工程。
- 2022年5月15日，東鐵綫正式延伸至金鐘站，成為香港第四條過海鐵路。
工務局在駐港英軍協助下，在40天內重建11號橋，鐵路服務終於10月4日回復正常。 港鐵公司、中國鐵路廣州局集團、中國鐵路上海局集團聯合營運來往香港紅磡站至廣州、上海及北京的城際客運列車服務。 通常直通車會全程使用本綫的正綫（羅湖-火炭-紅磡），並在整段九廣鐵路（廣深鐵路及東鐵綫）上以指定十輛韶山8型電力機車（廣鐵）或Lok 2000型電力機車（港鐵）牽引。 而港英政府於同年2月28日制定《緊急情況規例條例》，港督下令將九廣鐵路停駛。
鐵行裡: 接駁交通
2019年10月11日或以後日子，港鐵所有重鐵車站正常開放，並預告晚上10點後全綫提早暫停服務以便搶修。 2019年10月8日，有市民發現港鐵站關閉後，凌晨時分有黑衣人破壞港鐵站內設施，然而一名蒙面人手持強光手電筒照向閘外圍觀的人，並對閘外圍觀的人態度惡劣，人們隨即把該名不明身份的蒙面人拍下[114]。 同日港鐵關閉13個車站，開放其餘車站[115]，並預告晚上8點後全綫提早暫停服務以便搶修。 雖然新聞直綫系統在列車經過某些路段時會出現間歇信號中斷情況；但這系統在「2007香港資訊及通訊科技獎」中獲得「最佳無間斷網絡（流動資訊娛樂）銀獎」[52]，也肯定了其系統的穩定性。 鐵行裡2025 與此同時，為配合無障礙運輸，合併前的地鐵在1998年起作出多項改善措拖，以方便傷健人士使用地鐵。
沙田站部份乘客不滿行程受阻，與職員理論，要求港鐵提供穿梭巴士或協助他們截的士。 機場快綫接駁巴士則來往各主要酒店與機場快綫車站之間，方便旅客轉乘前往機場，凡持有乘搭當日機場快綫及高速鐵路的證明即可免費上車。 不過由於客量低迷，港鐵已於2020年6月永久停運機場快綫接駁巴士。 隨西鐵綫於2009年8月16日伸延至紅磡站，原有西鐵綫全日通被屯門－南昌全日通取代。 屯門－南昌全日通的使用方式、發售地點、售價和使用範圍與西鐵全日通大致一樣，於購買車票當天可無限次乘搭港鐵西鐵綫（往來屯門至南昌站）、所有輕鐵路綫及所有港鐵西北接駁巴士綫。 而原有接駁K16線的優惠亦即日取消，K16線亦於一個月後取消服務。
鐵行裡: 乘客站內飲水遭警告事件
1843年，公司在香港上環设立办事处，並因其办事处有鐵騎樓而被取名鐵行。 並於1850年代後期拓展航點至依南京条约及天津条约開放的汕頭、廈門、福州等商埠。 陳炳釗一直示範如何把事實與想像策展放到劇中，二十年後當人們研究鐵行里，就會有更多資料來回憶整合，觀眾不需認識陳炳釗或中環，也能進入鐵行里的城巿文化中。 陳炳釗補充說，能完全浸淫在懷緬本身亦是好事，除了抒發情感的需要，重建亦需建基於懷舊，否則空有建築而情感中斷，就失去回憶的意義，劇場正可為「重建的藍圖」提供感情聯繫。 除了感官的體會，陳炳釗希望能知性地把握一個城巿的架構，尤如一個人的思考過程，所以在劇中設定了幾位「陳炳釗」，除了有著力尋索街道歴史的本人化身，亦在七十年代香港城規界找到一位同名的規劃師。
鐵行裡: 車站位置
經過當日事件後，港鐵一度改善有關安排，當因應警方要求暫停某一車站常規班次列車服務的時候，會同時安排特別班次由該車站開出，接載乘客離開車站。 2014年8月20日早上約9時50分，一隻啡黃色的中型唐狗突然闖入上水站南行綫路軌，當時有乘客發現後即通知車站職員。 有目擊者指出，車站職員曾暫停列車行駛，走入路軌嘗試驅趕唐狗，擾攘約6至7分鐘後，卻未能成功將唐狗帶離路軌，但車站職員仍重啟列車服務。 各車站大堂設有自動售票機售賣各種單程票，另頭等單程票或前往過境車站[n]的車票可於客務中心購買。 機場快綫則使用塑膠及紙製智能車票，亦是港鐵唯一設有來回車票的系統[o]。
鐵行裡: 車費結構
4月7日上午，地鐵代表致電工會，表示由於管理層不答應，要求取消其中1條，有關給予車站員工10分鐘進膳步行時間的承諾。 雖然在2019年港鐵並沒有因反條例運動而削減平安夜及除夕的通宵服務，但是自2020年11月中第四波新型肺炎疫情爆發以來，防疫措施被多次收緊，這影響聖誕新年的慶祝活動，導致除夕倒數活動須取消，故2020年平安夜和除夕夜首次不設通宵列車服務，只會在有需要情況下，於深宵時段提供有限度服務。 2019年10月9日，港鐵關閉7個車站，包括觀塘站、旺角站、將軍澳站、坑口站、車公廟站、沙田圍站、石門站，開放其餘車站，並預告晚上8點後全綫提早暫停服務以便搶修[116]。 直至2012年7月24日早上7時半，經搶修後，東鐵綫全綫恢復通車。 但在早上10點過後，8號風球除下，大批市民出門上班，港鐵觀塘綫 九龍塘站往油麻地方向的月台上，非常擠迫，一般要等3班車才上到車。
鐵行裡: 香港本地客運服務
唯物業設計時期正是香港政府推行八萬五建屋計劃政策，採用高地積比設計，備受市民批評。 城規會最終亦會以綜合發展區容許較高的發展密度為理由，完全否決有關居民對屏風樓不滿的聲音。 [60]而且物業設計是「為錢而非為人」，大部份綠化及休憩空間只限住客享用，公眾只可享用商場及面積細小的地面廣場，比東京、新加坡及上海等地鐵路上蓋設大型公眾公園及休憩空間落後得多，成為規劃標準劣質化的典型例子。 九龍南綫落成後，乘客可從新界西北直達尖沙咀，中途無須轉乘其他交通工具。 不過，原本可乘東鐵綫直達尖東站的新界東乘客，須於紅磡站轉乘西鐵綫才能到達尖東站，但由於東西兩鐵綫路班次密度有別，東鐵綫乘客不能在紅磡站及時轉車，或須等候數分鐘方能轉乘西鐵綫前往尖東站，基於此不便促使部分乘客選擇重投九龍塘站及旺角站轉車往港島綫沿途各站，進一步加重該兩站的負荷。
鐵行裡: 列車服務時間
[59][60]自2012年開始，全綫84個車站及城際客運的九廣列車上，已設有237部自動體外心臟去顫器。 宣導標語常以粵語口語表示，如「緊握扶手，企定定，照顧同行長者同小朋友。」[54]（使用扶手電梯時，緊握扶手，不要亂行走」）或「聽到嘟嘟聲，停低你至精」[55]（聽見嘟嘟聲（列車門在關閉時發出的警號）時，停下來是最聰明）、「搭港鐵，咪衝門，要小心」（乘搭港鐵時，不應衝門，要小心）等。 此外，港鐵引入附例來防止乘客進行不當或危險的行為，例如禁止攜帶易燃物品，違規者可被罰款甚至入獄。 當中南港島綫、港島綫、荃灣綫、觀塘綫、將軍澳綫、東涌綫及機場快綫列車均安裝了閃燈路綫圖，供乘客留意列車的行駛方向、停靠車站及轉乘資訊。 由於每日有大量乘客使用港鐵，因此月台均設有大量扶手電梯，雖然早期有意見認為傷殘人士不適合乘搭鐵路而未設旅客用升降機，但因應機場快綫及東涌綫的開通，所有車站均最少有一部升降機；此外，另有個別車站亦已陸續安裝自助式輪椅升降台，以便解決部份車站未能加裝升降機的問題。 此外，一些同地區但合併前屬不同網絡之車站（如奧運站與旺角站與旺角東站、荃灣站與荃灣西站、九龍站與柯士甸站與佐敦站與紅磡站等），其收費存在明顯不合理差異，最高可相差超過5元。
鐵行裡: 港島綫通車
西鐵綫全日通的使用方式、發售地點、售價和使用範圍與西鐵自悠通一樣，於購買車票當天可無限次乘搭港鐵西鐵綫、所有輕鐵路綫、所有港鐵巴士綫及港鐵接駁巴士K16線。 此包括通道下的吸音物料、兩邊的吸音槽與及承載路軌的特殊方法。 這種架空橋軌道在後來興建的馬鞍山鐵路以及落馬洲支線都有使用。 由當列車離開大欖隧道會回到地面，在隧道出口至車站之間建有港鐵八鄉車廠，錦上路站旁設有西鐵綫的辦公室港鐵錦田大樓。 鐵行裡 而西鐵綫的其餘路段，即錦上路站至屯門站（兆康站除外，兆康站為地面車站），則大部份建於架空橋之上，橋上均設有緊急逃生通道。
鐵行裡: 大堂及月台設施
2016年12月18日早上時分，港鐵調景嶺站入閘機曾一度出錯，四百多名乘客的八達通卡被多扣八角車資，港鐵表示正跟進相關事件。 2019年11月24日，因應2019年香港區議會選舉，港鐵打破過往周末晚上10點結束服務的規律，於晚上11時才結束服務。 2019年10月23日，港鐵預告平日晚上11點後全綫提早暫停服務，但周末仍維持晚上10點後全綫提早暫停服務。 到1995年，為了方便乘客認別出口位置，出口均加設英文字母並沿用至今。 而指示牌在1998年起使用Myriad Pro Semibold，同時改良指示設計，棄用1979年沿用的紅黑底作背景，全面改為黑底。 雖然單程票經營成本比電子收費更高，但港鐵利用大多市民已經習慣使用八達通電子收費模式，現時輕鐵有70個車程組合（約0.15%）更出現使用單程票，收費比八達通更低情況。
鐵行裡: 港鐵
北行綫往旺角東方向的路軌旁邊有圍板傾斜並明顯破損，相信該處是肇事圍板缺口，外邊堆積大量混凝土[81]。 有港鐵工會人士透露，港鐵近年削減維修資源，單是2010年保養及相關工程開支卻較2009年減少300萬元至9.12億元[63]，引致前綫維修保養人手不足，並大量聘請外判公司負責維修保養工序，做成近年事故頻密。 立法會議員亦批評賺大錢的港鐵只會加價，卻減少資源改善服務質素，將乘客安全置之不理[64]。
西鐵綫從與東鐵綫交匯的紅磡站起，途經油尖旺區、深水埗區、新界西葵青區（美孚站至荃灣西站所途經的青荃隧道及下葵涌隧道）、荃灣區及大欖隧道前往同為新界西的元朗區及屯門區，全長35.7公里，共有12個車站，當中有8個轉車站，連同九龍南綫，總造價為547億元。 鐵行裡 鐵行裡 除荃灣西站、柯士甸站和尖東站完全建於地底之外，其餘車站均建於地面或架空橋之上。 在1999年8月之前，由於屠房設於市區，因此運載牲口的貨卡需前駛經沿綫各站。 每日平均有30個車廂運載牛、豬及羊來港（列車通常在中午前夕進入香港），使乘客及居民受到「豬車」氣味困擾。 直到區域市政局（現改為食物環境衛生署）上水屠房於2000年1月啟用後，問題終於得以解決[135]。 2020年，受2019新型冠狀病毒影響，由該年1月30日起所有城際直通車服務暫停，隨後同年2月4日羅湖站及落馬洲站關閉，讓東鐵綫服務不受直通車影響，班次不穩或繁忙時間拖卡問題暫時得以舒緩。
車西九高鐵站更採用同層兩檢模式，即離港及抵港旅客均可在同一樓層內完成出入境手續，讓攜帶大件行李之乘客更輕鬆方便。 港鐵營運的香港高鐵動感號分為兩個座位等級：一等座、二等座，所有等級的座椅都可以調校方向，配合香港高鐵行車方向。 由香港西九龍站出發之香港高鐵車票及中國內地段之高鐵都實行實名制，所以購買高鐵車票時，所輸入之姓名必須與以下旅遊證件上之姓名一致。 而每一張有效身份證明文件只能購買一張同一天同一車次的高鐵車票。 兩鐵合併前，九鐵曾於2002至04年間向城巴及新巴租借巴士提供服務，現已把巴士全數退還兩間巴士公司。 九鐵亦分別於2004及05年底向新巴購入二手丹尼士三叉戟巴士和於2007年向亞歷山大丹尼士購買符合歐盟4型廢氣排放標準的環保巴士，並悉數投入服務。
鐵行泛亞持有第一期：「蛇口集裝箱碼頭有限公司」的25%股權（截至2002年）[11]。 2004年出售第一期2.5%股權予現代貨箱碼頭公司，同時增持第二期至22.05%[13]。 1998年六月，現代貨箱碼頭與鐵行港口合組聯營公司，開始管理深圳蛇口集裝箱碼頭第一期[14]。 1857年之上海外灘地圖所示鐵行办事处於怡和洋行南沙遜洋行之北。 後受到旗昌洋行的旗昌輪船、怡和洋行與太古洋行的競爭而只佔少部分沿海及長江航線市場。 於1874年於上環設立鐵行貨倉、鐵行碼頭等，後出售予九龍倉集團。
另外，也有部分旅客與灣仔、銅鑼灣及東區居民在金鐘站外的巴士站乘搭新巴15線，或步行至山頂纜車花園道站前往太平山山頂，故金鐘站乃港島區重要的交通樞紐之一。 在2016年南港島綫通車及1994年城巴開辦171線前，更有不少旅客在金鐘站巴士總站乘搭城巴629線前往海洋公園。 由於金鐘站原址為一大片船塢空地，所以當時地鐵公司在金鐘站規劃了大型的公共運輸交匯處[35]。
此外，西鐵通車初期客量偏低，與快速公路網絡擴張及完善化不無關係。 在1998年大欖隧道啟用後，元朗區有了直達市區的快速公路，而屯門公路的塞車情況亦大幅緩和，再加上汀九橋、西九龍公路、西區海底隧道這些在三號幹線所途經公路的配合；大量可直達市區的巴士路線開辦，西鐵就明顯顯得失色。 除了進行鐵路工程，現有的尖沙咀中間道行人隧道會向西延伸至九龍公園徑，並接駁現有的兩條政府行人隧道。
鐵行裡: 車站設計
直到2016年10月1日起，因應環保署的《噪音管制條例》要求，旺角東站至九龍塘段被收緊至每小時30公里，讓每班列車駛過該處時需要多約30秒至2分鐘不等，變相較平日接載少約6,000名乘客[110]。 惟有記者測試後發現，由紅磡至九龍塘站車程時間大增1至6分鐘不等。 「MTR Service 鐵行裡 Update」認為可能會增加乘客候車時間，讓原本已十分擠迫的九龍塘站月台更水洩不通[111]。 其後有一名男乘客阻止該兩名阻礙列車開出的乘客其行為，雙方更推撞並爆發罵戰。
公眾認為兩鐵合併後會為乘客帶來更高效率的服務，但不少調查均指自合併以來，港鐵服務延誤個案有上升之勢。 《文匯報》的調查指港鐵的延誤由2008年的240宗，逐步增至2010年278宗，上升近一成六，2011年錄得300宗延誤事故。 [62]服務延誤逾一小時的嚴重事故亦持續發生，2008年累計至2011年9月底已有17宗。 鐵行裡2025 鐵行裡 由於車費結構的隨意性，整個系統的車資有逾百個不同的價目，沒有法則推算車費，故只能透過港鐵公司製作的「港鐵車費及優惠（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）」查閱特定車程的車費。 高鐵香港段原定預計於2015年竣工及通車，後來延至預計於2016年竣工[25]、並以2017年年底通車為目標，但因工程嚴重延誤而延遲至2018年9月23日通車。 高鐵香港段通車後，成為香港繼城際直通車（廣九鐵路）後，第二條跨境鐵路。
自2002年將軍澳綫啟用後，觀塘綫乘客須在油塘站轉乘將軍澳綫往返港島區及九龍區，而將軍澳綫於非繁忙時間班次較觀塘綫疏落，車程較之前多花費最少4分鐘[27]，這不便讓不少觀塘綫沿綫各站的乘客改回經旺角站及金鐘站往返港島區及九龍區，金鐘站人流亦因而回升。 金鐘站設有不少自助服務設施供乘客使用，包括自動櫃員機、自動售賣機、自動照相機等[4][8]。 而近C出口的大堂付費區亦設有香港郵政郵箱[9][10]；而近F出口的非付費區亦設有港鐵「會員服務站」[11]。
使用八達通乘搭港鐵可享受優惠，大部份車費比使用單程票便宜[m]，例如來往金鐘和尖沙咀，成人八達通收費為HK$10.3，但單程票收費則需HK$11.5。 有別於一些單一票價的鐵路系統，港鐵收費並非劃一，票價收費亦不是根據路程長短而定，轉綫次數亦有機會影響票價，票價的高低亦同時取決於乘車等級以及是否涉及合併前的不同網絡。 一般而言，乘客不能以所乘搭的距離越長，收費就會越高的常理推斷車資，在一些情況下，更有短程較長程貴的現象出現。
直至2002年地鐵公司重新研究南港島綫，一度將終點站改為灣仔站而不前往金鐘站，惟最終為方便乘客轉車而將終點站設於金鐘站[來源請求]。 鐵行裡 鐵行裡 至於車站大堂亦為配合新擴建部分之用色而進行全面翻新工程，包括將大堂之藍色紙皮石及焗漆板，更換成白色仿麻石牆，以及在C出口旁的一端牆壁換成「藍色黃色漸變間條玻璃板」，是全港鐵市區綫網絡中首次使用，亦是繼東涌站及博覽館站後再次使用玻璃板。 金鐘站東面近夏慤道一側（位於南港島綫月台北端上方），設有一座由港島綫及荃灣綫共用的牽引變電站（名為「金鐘變電站」），由香港電燈管轄，為沿綫車站及兩綫列車供電[22]；當中，該變電站亦設有一條電纜隧道，負責為港島綫的架空電纜供電[23]。 上水站是東鐵綫的中途站，乘客可在此站乘搭羅湖、落馬洲或金鐘方向列車，往返粉嶺、大埔、沙田、九龍中部及港島北岸等地，或過境往深圳市。