在2013年5月13日和2014年4月15日，列車在將軍澳綫行走和載客以進行試驗，為日後的緊急調度安排準備，目前未有將該款列車調往將軍澳綫服務的計劃。 北車長客列車在首次載客試驗後，在2013年12月16日調景嶺站至油塘站架空電纜故障期間首次進行緊急調度，沿觀塘綫至藍田站後經將軍澳綫過海段往北角站，故障排除後一段時間亦曾行走將軍澳綫。 同時，為紓緩鰂魚涌站轉綫通道的擠塞情況及未來的將軍澳綫乘客量需求增加，地鐵公司決定在1998下半年時把現時的北角站月台南方加建兩個月台，使港島綫的月台由側式月台變成島式月台，增建同向跨月台轉車通道，並將觀塘綫由鰂魚涌站暫時延長至北角站，直至將軍澳綫工程完成後一併列入將軍澳綫內。 此路線定線較乘搭港鐵直接及便宜；加上除了將軍澳乘客以外，亦因在葵涌至彩虹之間只作有限度停站，比服務範圍相近的38、40及42C線更為快捷，吸引不少往返荃葵及黃大仙至彩虹的乘客選乘，因此甫開辦便備受歡迎，在繁忙時間、星期六及假日更經常頂閘，九巴會在需要時額外增加班次疏導乘客。 全程車費優惠，折扣後全程車費為$9.2 將軍澳線 （現時為11.3）。 車費當時較同區路線較短的98C、98D、297便宜，而此線現時仍比798（$11.4)便宜兩線開辦前是少數落實開辦日期前未有確定路線編號的計劃中新線。
- 2021年6月18日，網上流傳一段影片，一頭野豬仔闖入港鐵鰂魚涌站後，擺脫港鐵職員阻擋，成功登上一列港島綫列車，在列車內來回奔跑，如入無人之境。
- 現時全綫共有8個車站，當中5個為轉車站；除了油塘站、寶琳站及康城站為地面車站，其餘均為地底車站。
- 其後，野豬仔更「轉車」至將軍澳綫一列空載列車，一度瑟縮在關愛座不肯離開，最後港鐵被迫安排列車返回車廠，漁護署人員其後到場將其捉走，並已放生。
- 也有許多次訊號故障，使調景嶺站控制列車進入五桂山側綫的訊號機故障，令康城站穿梭列車無法進入五桂山側綫掉頭，影響班次。
- 鐵路主要建於地下，只有在靠近寶琳站的一小段是建於有蓋的地面上，工程包括興建將軍澳線，連接九龍一端現有地鐵東區海底隧道，途經油塘至將軍澳新市鎮；以及更改現有觀塘綫，由藍田站伸延至油塘及調景嶺站。
而港鐵職員沒提供清晰指示，有夫婦排隊到上車一刻才發現上錯車，要重新排隊；將軍澳站職員更發出過時資料，派發的「乘車應變錦囊」小冊子中，列有已於2013年11月30日取消的過海隧道巴士692線。 與此同時，將軍澳隧道在半小時內發生兩宗交通意外，共10人受輕傷送院治理無大礙。 港鐵市區綫中國製列車曾於2012年11月21日晚上非繁忙時間，於本綫進行不載客測試，模擬日常運作。 於2013年5月13日至5月15日期間的晚上非繁忙時間，列車曾於本綫載客行走北角站至寶琳站，然後於2013年5月16日安排行走康城站穿梭列車作詳細試驗。
將軍澳線: 路線資訊
所以通車初期，很多乘客都還未習慣繁瑣的轉車過程，加上將軍澳綫的列車班次疏落，一度引起混亂，期間亦導致東九龍居民改乘東隧巴士前往港島區。 不過，隨着鄰近調景嶺站及將軍澳站的大型屋苑紛紛入伙，以及油塘站附近的公共屋邨重建完成，將軍澳綫的客量大幅攀升。 將軍澳綫其餘的油塘站至寶琳站路段於同年8月18日通車，觀塘綫亦改以調景嶺站為終點站。 現時連接東區海底隧道至藍田站的路段已改為備用路段，並命名為藍田站後備行車隧道，供工程車或車務調動使用。
城規會最終亦以綜合發展區容許較高的發展密度為理由，使有關項目成功獲批及興建，而且大部份綠化、康樂設施及休憩空間只限住客享用，公眾只可享用商場及面積細小的公共空間。 遵從港鐵（地鐵和九鐵）一向的發展模式，興建鐵路時會在沿綫發展私人住宅，一來以其利潤資助工程費用，二來可增加客源。 將軍澳線 將軍澳綫全綫新車站月台均带有已退休港鐵建築師區傑棠題寫之書法墨寶，然而相比如港島綫車站的書法字則顯得較為不清晰，並帶有相當明顯的網點，一般相信這是因為原稿DPI不足而出現的印刷問題。 在星期一至星期六的早上和星期一至星期五下午繁忙時間，將軍澳綫有16列列車運行。 但由於韓製Rotem電動列車僅有13列，故須有3列都城嘉慕列車。
將軍澳線: 班次
2009年7月26日將軍澳綫第二期通車後，將軍澳綫繁忙時間每隔三班往寶琳站的列車，就有一班列車前往康城站。 隨著調景嶺站及將軍澳站大型屋苑紛紛入伙，以及油塘站周邊公共屋邨重建完成，現時將軍澳綫服務深受新市鎮乘客歡迎。 油塘站啟用當日，將軍澳綫介乎油塘站至北角站之間的一段亦提早投入服務，取代觀塘綫使用超過10年的東區海底隧道路段過海往香港島，同時觀塘綫終點站由北角站改為油塘站，讓乘客預先熟習往返觀塘與港島的全新轉車安排。 期間將軍澳綫列車在油塘站落客後，繼續空載駛至五桂山側綫，掉頭駛回油塘站上客，而觀塘綫列車在油塘站落客後，繼續空載駛至調景嶺站的越位隧道，掉頭駛回油塘上客。 將軍澳綫取代觀塘綫作為過海到港島東的路綫，除了令本來無需轉車乘客需要在油塘站轉車，更因將軍澳綫本身的乘客量，令觀塘綫乘客登車難上加難。
- 2009年7月26日：康城站投入服務，有不少鐵路迷前往乘搭自調景嶺站開往康城站的頭班車。
- 港鐵公司為求將影響減低，把本綫列車行走部份路段減速，及不斷打磨路軌及噴潤滑劑，但經列車長時間行走，潤滑劑都會逐漸流失，如為降低噪音而減慢列車速度，行車時間會相對增加。
- 星期六日間非繁忙時間及星期日日間有11列列車運行，晚間則減至10列。
- 將軍澳綫現時行經鰂魚涌站至北角站路段屬鰂魚涌站轉綫通道紓緩工程的新建路段，該月台於2001年9月27日啟用。
- 而油塘站至東區海底隧道一段匯集了將軍澳綫和觀塘綫的乘客，所以流量是全綫最大的。
- 行政長官會同行政會議在1998年10月20日正式批准地鐵公司興建將軍澳支綫，雙方於11月正式簽定工程計劃協議；為了進行鐵路工程，當局須收回分別位於將軍澳華人永遠墳場和坑口兩幅地下層土地。
2018年10月16日，早上約7時，發生罕見的「聯鎖系統」故障，市區綫發生故障，訊號系統出事導致要轉為人手操作，出現嚴重延誤。 港鐵車務工程總管李家潤在電台表示，初步分析電腦數據，發現訊號系統區間電腦之間有大量資料傳輸同步，耗用電腦大量資源，與程式設定有關，但看不到事件與測試新系統或人為因素有關，其中本綫在發生故障途中發生。 李家潤說，有關情況應首先在荃灣綫發生，強調凌晨4時30分已完成測試並成功轉回現有系統運作，又指現有系統沒有和新系統連接。 與此同時，將軍澳隧道在市區綫發生故障時發生交通意外，再度令將軍澳淪為「孤島」，自此區內開始有聲音要求開辦來往將軍澳至港島的渡輪服務。 乘客亦可透過多元化電子支付系統（e度嘟）繳付車資，包括使用非接觸式VISA卡、JCB卡、萬事達卡、銀聯卡、Apple Pay、Google Pay、Samsung Pay、AlipayHK「易乘碼」及銀聯雲閃付「乘車碼」。
將軍澳線: 月台幕門
耗資305億元的將軍澳支綫於1999年4月24日展開工程，預計2002年12月完成。 至於工程成本及融資安排，鰂魚涌紓緩擠塞工程及將軍澳支線的估計費用分別為49億元及250億元，而地鐵公司會自行提供這兩項工程計劃的資金，無需政府給予財政支持。 如以車箱每平方米站立四人計算，2013年本綫油塘至鰂魚涌站一段過海路段載客率達100.6%。 為提升可載客量，港鐵計劃於2018至2022年期間完成提升市區四綫的信號系統，屆時可載客量有望增加約10%。 與此同時，港鐵利用剩餘班次客量，加密本綫班次，將本綫繁忙時間之班次編排由”3+1″改為”2+1″，此模式每小時可在康城站加開兩班列車，增加康城－北角一段之載客量，同時寶琳站開出之列車數目將維持在每小時18班。 將軍澳綫在2009年8月21日，上午8時30分，曾發生信號系統故障，當日中午曾成功修復，但一小時後信號再次故障。
將軍澳線: 車站數目
而「將軍澳線南延線」將由康城站延伸一個站至第137區一帶。 新一份《施政報告》提及，將軍澳第137區發展計劃，料可提供5萬個房屋單位，最早2030年入伙。 據消息透露，計劃內的公私營房屋比例，暫定為七三比，料可容納13萬人口。
將軍澳線: 車站列表
於2022年5月起第五波疫情已過及乘客量逐步回復，相比疫情前的班次安排，往寶琳的繁忙時間班次均一化至3-4分鐘一班，同時將前往康城的班次全日統一至前往寶琳班次間隔的雙倍（7分、10分、12分或18分一班）。 將軍澳線2025 將軍澳線 本綫全長12.3公里，是全港第三短的港鐵鐵路綫（不包括輕鐵及昂坪360），目前共有8個車站，當中北角站和鰂魚涌站（港島綫）、油塘站及調景嶺站（觀塘綫）為轉車站，將軍澳站則是往來寶琳至坑口段及康城段的轉車站。 本綫除了油塘站為地面及架空混合式車站，寶琳站及康城站為地面車站外，其餘均為地底車站；除了康城站與百勝角隧道之間擁有兩小段露天路段之外，其餘皆為密封及有蓋的路段。 因此，本綫是於天文台發出九號烈風或暴風風力增強信號或十號颶風信號時，唯一維持全線服務之港鐵路線。
將軍澳線: 乘客量
290B荃灣西站開經：大河道、青山公路（荃灣及葵涌段）、昌榮路迴旋處、葵涌道、呈祥道、龍翔道、清水灣道、新清水灣道、順清街、順利邨道、秀茂坪道、寶琳路、寶琳北路、寶康路、唐明街、景嶺路、翠嶺路、寶邑路、環保大道、百勝角路、環保大道及駿日街。 2018年4月起，本組路線先後引入「城市脈搏」塗裝的Enviro500 MMC 12米作掛牌，落車門上方改用動態乘客資訊系統取代「請勿下車」燈箱。 將軍澳線2025 九龍巴士、新世界第一巴士、城巴、龍運巴士及陽光巴士全職員工及家屬（不包括外判職員）可免費乘搭本路線，惟必須拍職員或職員家屬八達通。 〈港鐵公司將因應將軍澳綫及近日事故進行全面資產管理檢討〉，港鐵新聞稿編號零七四/二二，2022年12月5日。
將軍澳線: 將軍澳線
到1988年2月，地鐵與港府正式商討時，方案微調至1993年動工及1997年通車，預計通車時將軍澳人口超過20萬，會有足夠乘客量，設5個車站，包括油塘、填海區、將軍澳工業區、坑口及將軍澳市中心。 1989年9月，地鐵主席馬達誠表示仍未落實興建將軍澳綫，要視乎將軍澳人口增長及該處填海的進展。 將軍澳線 將軍澳線2025 將軍澳線 同年下旬，港府宣布興建新機場及相關配套設施，被外界稱為「玫瑰園計劃」。
將軍澳線: 將軍澳綫南延綫
現時將軍澳綫上行往寶琳/康城方向有三班頭班車分別由北角及調景嶺開出，而下行往北角方向則有兩班頭班車分別由寶琳及康城開出。 事實上，港鐵公司早已預計到有關問題，故特別訂製13列隔音效果較佳的韓製列車，但沒有預料新列車訊號接收出現問題，而轉用隔音效果更差的現代化列車，令將軍澳綫乘客持續受噪音困擾。 將軍澳線 除了鰂魚涌站及東區海底隧道路段外，將軍澳綫列車沿途駛經多個彎位。 寶琳站只設有一個月台，從坑口站開往寶琳站的列車，必須等待寶琳站月台的列車開出後，方可開始駛入寶琳站。 計算列車出入站的安全距離和乘客上落車所需時間，前後兩班列車相距最少需時2分30秒。 五桂山隧道為四綫設計，平分予觀塘綫與將軍澳綫使用，並附設五桂山側綫供將軍澳綫康城穿梭列車調頭。