然而香港政府在最初时并未就此安排有确定方案，而且深圳福田站原本预留过境的空间，在2015年底却提出在西九龙设立一地两检过境设施的方案[45]。 廣深港高速鐵路香港段 对此方案泛民主派议员普遍予以反对，因此舉将使中國大陸执法人员在香港市區心脏位置执行中國大陸法律，破坏一國兩制和香港基本法。 廣深港高速鐵路香港段2025 2006年2月6日，行政會議指示九廣鐵路公司以共用通道方案作進一步規劃，即興建北環線連接落馬洲，及使用現有西鐵綫及九龍南綫的部份路軌，終點站設立於西九龍，全長30公里；預計每小時列車數目為3至5班。
- 香港及中國大陸的專家在比較了不同路線走向後達成共識，商定了「廣州東—東莞—蓮塘—香港」與「番禺—南沙—蛇口—香港」兩個較可取方案，規劃目標是將廣州市中心至香港間的旅行時間從100分鐘縮短至60分鐘以內。
- 廣深港高鐵香港段一路向北駛至深圳，把香港直接與內地的龐大高鐵網絡接軌，連接廣州 ── 深圳地段的六個短途站點，同時直達內地多個城市，包括北京、上海、哈爾濱、昆明與烏魯木齊。
- 根據當時的研究結果，其中一個建議計畫即為「區域快線」，用來連接九龍市區和邊境，並可能進一步延伸至港島；同時，報告並建議紅磡站應繼續發揮集體運輸中心的作用，作為城際列車服務的終點站，提供出入境及海關設施，並作為主要的運輸交匯處。
- 西九龍站五公里半徑範圍內，包括本港近三成居住人口及接近五成工作人口。
- 2018年4月起，廣深港高鐵香港段踏入試營運階段，多列列車將安排往返廣州南、深圳北、福田站及香港西九龍站之間[28][29]。
- 線路北端與京廣高速鐵路相連，形成“四縱四橫”鐵路快速客運通道及「八縱八橫」高速鐵路主通道中的「一縱」。
此外，報告抨擊路政署鐵路拓展處監管不力，未有做好監察及核證者角色，即使顧問多次警示計畫可能延誤，卻仍然無實際行動；縱然曾經質詢港鐵，不過輕易相信對方保證，並無作出獨立判斷以至後續確認，甚至在工程延誤初期尚未向運輸及房屋局匯報，認為署方可以參與的部份有更多。 2009年2月24日，鐵道部副部長陸東福和香港運輸及房屋局局長鄭汝樺在香港簽署有關於廣深港客運專線香港段與廣深段的銜接技術安排備忘錄。 根據備忘錄安排，鐵道部與香港政府將會繼續加強溝通，爭取實現廣深港高速鐵路香港段在2009年年內啟動工程及其他相關的一切安排，將香港納入中國高速鐵路網路中[20]。 高鐵香港段隧道在地下通過的大角咀，早於2009年，有當區居民發起向立法會遞交一人一信反對書行動，聲稱高鐵香港段的政策過程令居民感失望，因為新刊憲的走線決定高鐵隧道在大角咀14座當時樓齡超過35年的住宅大廈地下穿過，認為會威脅樓宇結構安全[65]。
廣深港高速鐵路香港段: 經營方式
根據香港政府交通習慣調查，香港超過九成的出行都是公共交通出行，是全世界最高[1]。 然而2014年交通諮詢委員會的報告指出香港日益嚴重的交通擠塞問題，並指向過去10至15年私家車的大量增長[2]。 林鄭月娥與主禮嘉賓主持啟動及揭牌儀式後，參觀西九龍站設施，並經過「一地兩檢」通關程序，在月台登上「動感號」首發列車，前往廣州南站，並於該站短暫停留後返回本港。 2020年1月22日，香港出現首宗「高度懷疑」新型冠狀病毒病例，患者乘坐高鐵抵港，在伊利沙伯醫院轉往瑪嘉烈醫院隔離治療。 沿綫設有八座通風樓，分布於米埔、牛潭尾、大江埔、八鄉、城門（即象山邨）、葵涌、南昌及旺角西，通風樓亦會作為緊急進入及逃生點。
高鐵試車時，有元朗區居民指試車產生的震動及噪音懷疑使房屋裏外地面和牆身出現裂痕，但未能確定是由高鐵引起。 廣深港高速鐵路香港段 由開始試運起的首3個月，港鐵一共收到55宗關於感到行車震動的投訴及9宗關於構築物出現裂痕的投訴。 有牛潭尾村住戶指出，於2012年年底，其家中地板稍微傾斜，門外出現一條兩米長的裂縫，而且越裂越闊，就像經歷過地震般[70]。
廣深港高速鐵路香港段: 工程超支
2016年9月26日：首列用於該路綫的港鐵CRH380A型電動列車（編號CRH380A-0251）從青島中車四方經海路運抵香港。 因車卡較多且車身較為寬大，港鐵方面於9月26日至29日將列車分為四次從碼頭運抵石崗，每次運送兩節車卡。 為配合運送，香港運輸署決定9月26日至29日期間，每日由凌晨1時至凌晨4時，將視情況對介乎錦田繞道與七星崗之間的一段錦田公路由雙程行車改為單程東行[24]。 之後列車將在廣深港高速鐵路進行靜態測試及低速動態測試，之後又會在16公里的試行段隧道，即石崗緊急救援處至旺角西通風樓之間的下行隧道，進行動態測試[25][26]。 香港段隧道由西九龍站開始，經過油麻地、大角咀、深水埗、長沙灣、葵涌、石崗、牛潭尾及米埔，最後經過皇崗進入廣東省深圳市福田區，除石崗車廠外全綫走綫地底。 由於工程因為種種原因而出現延誤之情況，港鐵透過各種方法趕工，至2015年3月初，全長2.6公里、穿越新界雞公嶺地層的牛潭尾至大江埔隧道路段工程完成鑽爆，並且成功貫通，意味着全長12.9公里、以鑽爆形式建造的廣深港高速鐵路香港段隧道工程全部完成。
8月2日，香港政府在粵港聯席會議第10次會議上提出決定以「專用通道方案」興建廣深港高速鐵路香港段，總站設立於擬議中的西九龍。 屆時由西九龍至深圳福田，往來只需要13分鐘；由西九龍至廣州南，亦只需要約48分鐘[17]。 同年10月，廣深港高速鐵路香港段成為行政長官曾蔭權所發表的《2007至2008年度香港行政長官施政報告》的《十大建設計劃》之一。 同年12月2日，九廣鐵路與香港地鐵兩鐵合併成為港鐵公司，廣深港高速鐵路香港段的統籌事務亦轉交由港鐵負責。 2001年起，香港政府開始與中央政府提出香港「區域快線」的建議，並商討就「穗港磁浮鐵路計劃」合作的可行性。 於2001年中，香港運輸局開始與深圳市政府、中國鐵道部探討「區域快線」採用磁浮技術的可行性，並且積極研究利用磁浮技術建設香港到廣州等地的快速通道[9]；當時的研究指出，如果採用磁浮列車，由香港至深圳的運轉時間將由40分鐘縮減至15分鐘[10]。
廣深港高速鐵路香港段: 香港段
有居民指出，鑽挖機於2012年10月月底至11月初經過樓宇地底時，樓宇被震盪至大廈內的門框及牆身不斷發出聲響，使到他們夜裡無法入睡。 有傳媒報道指，根據港鐵內部就高鐵設計及規劃的文件，由於高鐵為連接香港與中國大陸的跨境鐵路，涉及兩地不同的鐵路操作守則及法規，因此各設車務控制中心，各自管轄其經營範圍內的高鐵列車調度及營運。 同年，走線所途經的油尖旺、深水埗、葵青、荃灣及元朗的各項相關建造工程地盤，工程亦都已經陸續展開[21]。 廣深港高速鐵路香港段 香港段起於西九龍站，止於香港與深圳的邊境，於2018年9月23日通車，總長32公里。 香港段沿途不設其他車站，最高營運時速為每小時200公里，每方行車方向每小時可以接載約10,000名乘客。
大聯盟主席倫銘佳表示，香港立法會為撥款與否爭論不休，他們認為年輕人不是一面倒反對興建高鐵。 廣深港高速鐵路香港段2025 他們表示希望透過集會靜坐，爭取立法會盡快通過高鐵撥款，同時向公眾傳達年輕人亦非一面倒反對高鐵的信息。 在通車初期會使用10個月台，其中4個月台供短途列車使用，6個月台則供長途列車使用。 之後直接前往B3離境層辦理香港出境程序，然後離開「香港口岸區」，進入同一層的「內地口岸區」，辦理內地入境程序。 2020年1月24日（年三十），本港第三宗個案是62歲女病人，過往健康良好，居於湖北省武漢市。 病人報稱於1月19日乘搭高鐵由武漢到深圳北（G1013列車），再由深圳北到達廣深港高鐵西九龍站（G6543列車）。
廣深港高速鐵路香港段: 爆發疫情零客量 出現嚴重虧損
高鐵資訊中心位於深水埗南昌公園（近君匯港）內之高鐵地盤辦事處[63]，已經於2016年2月5日起正式關閉[64]。 廣深港高速鐵路香港段 廣深港高速鐵路香港段 高铁通车后由於來往西九龍至福田站的客量太低，港鐵在2018年10月26日起，將周末特別班次由12班減至9班[60]。
廣深港高速鐵路香港段: 隧道滲水
在研究過程中，因應雙方的整體都市計畫及交通網路規劃的最新進展，鐵道部與環境運輸及工務局分別對廣深港高速鐵路計畫的廣深及香港段考慮了一些新構思並作出調整[17]。 在大陸方面，國家鐵道部曾考慮以廣深港高速鐵路廣深段兼顧珠三角城際快速軌道網廣深城際線的可行性。 而香港方面，政府開始考慮利用西鐵及北環線作為廣深港高速鐵路香港段的可行性。 九廣鐵路公司和香港地下鐵路有限公司在提交政府的合併聯合報告中，對上述構思作了初步評估，而環境運輸及工務局也要求九鐵公司在北環線的研究中作進一步規劃[17]。
廣深港高速鐵路香港段: 高鐵列車的載客量
香港政府根据第二次铁路发展研究的结果，並由运输局发表了名为《铁路发展策略2000》的新铁路发展策略。 在2000年5月16日的立法会会议上，立法会交通事务委员会传阅由香港政府提供有关铁路发展策略的立法会参考资料摘要。 同时，行政会议建议，行政长官命令，香港应采纳《铁路发展策略2000》，这套策略将适用至2016年[6]。 廣深港高速鐵路香港段2025 香港旅遊發展局對本文所述資料，包括商店、餐館、貨品及服務等概不負責，並對此等資料，不作任何保證或陳述，包括其商業適用性、準確性、足夠性及可靠性等。
廣深港高速鐵路香港段: 鐵路站
第一阶段研究的议题包括广深港高速铁路项目的功能和策略重要性，有关区域的运输需求分析及客运量预测，以及铁路的可能走线及过境位置等[17]。 第一阶段研究在2002年9月完成[18]；同月20日，时任政务司司长曾荫权率领香港特别行政区政府代表团，参加在上海市举行的第二次「内地与香港大型基础设施协作会议」。 在会议上高速铁路规划小组代表汇报了广深港高速铁路的第一阶段规划工作，包括广深港高速铁路建设的必要性、功能及区域运输需求分析、运量预测及路线走向，以及过境位置等，确定铁路的策略价值[19]。 廣深港高速鐵路香港段2025 香港及中国大陆的专家在比较了不同线路走向后达成共识，商定了「广州东—东莞—莲塘—香港」与「番禺—南沙—蛇口—香港」两个较可取方案，规划目标是将广州市中心至香港间的旅行时间从100分钟缩短至60分钟以内。