2000年代，捷輝汽車曾經引入2輛梅斯特斯平治Sprinter和1輛IVECO Daily小巴作試驗，為本港唯一曾使用此兩款車型的公共小巴營辦商，但該兩款車已分別於2005年12月退回代理及於2008年1月售出。 小巴44a 跟紅色公共小巴不同，綠色專線小巴，俗稱綠VAN、綠頂、綠小、綠巴或專小，的識別色以車身中央髹上綠色色帶以及於車頂髹上綠色的形式出現（所以行內俗稱綠色小巴為綠帶），於1995年開始改為只髹於車頂，由於紅色小巴出現「紅頂」的俗稱，相對綠色專線小巴便出現「綠頂」的俗稱，書面語稱為綠色小巴或專線小巴。 由於新巴投得西九龍新區的巴士路線轉營權，因此本站的路線絕大部份是由新巴經營，直至2023年城巴新巴專營權合併後改由城巴經營。 本线另设立辅助线44A1，只于星期一至六由宝田单向前往上水站（且不提供回程），星期日及公众假期不设服务。
現時有12條巴士路線以此處為總站，有29條巴士路線途經此站, 另外亦有12條小巴路線。 上水轉車站有3間專營巴士公司提供服務，是北區最多的，是北區及北部都會區最大交通總匯, 全港唯一「五口通關」總站。 提供屯门良景、田景、屯门市中心、安定及友爱往来港岛东区的巴士服务。 由港铁巴士营运的一条路线，于2021年7月26日投入服务，此线起讫点及绕经与K52相同，不同的是此线绕经新屯门中心、龙门居而不经屯门码头、三圣邨、置乐花园及屯门市中心，只于星期一至五上午繁忙时间提供服务。
小巴44a: 新界區專線小巴102線
提供屯門山景、屯門工業區、屯門市中心、安定及友愛往來港島中區及灣仔的巴士服務。 屯門區議會經常收到乘客投訴，指小巴車長經常超速駕駛，上水前往虎地甚至更遠的車程往往需時少於15分鐘，時速更達到120公里以上[7][8]，而且沿線不少乘客經常難以登車[9]；更甚者，部份投訴指出車長不依路線行駛及拒載屯門區內的短途客。 由於此路線大部份路段均是快速公路，是現時少數日間長途專綫小巴路線之一，而駕駛此路線之車長的收入並非按固定月薪計算，而是按單一車長的乘客車費收入和營運商「三七分帳」，車長為求增加收入，經常超速行走。 本線的「屯門碼頭」總站，並非設在海翠花園地下的屯門碼頭公共運輸交匯處，而是鄰近慧豐園碼頭的小巴總站。 根據運輸署《服務詳情表》，營辦商需調配41輛小巴提供服務，包括9輛19座位小巴。 目前，44A與44A1線最繁忙一小時每方向合共載客量不少於368人。
不過，新界西北的就業機會不足，大部份居民需要前往市區就業，導致往返新界西北及市區的交通需要一直高企，對屯門公路構成沉重的負荷，在繁忙時間時的車流量極高，經常造成交通擠塞。 另外，屯門公路設計上是依山而建，在1994年8月，因暴雨而導致山泥傾瀉，屯門公路只能局部開放行車線行車，1995年8月更因有大石滾下屯門公路大欖段，導致屯門公路往九龍方向，由置樂花園至大欖的一段需要全線封閉。 屯門公路封閉期間，所有進出車輛需要改用青山公路，不過當年青山公路的路面狹窄，單方向只有一至兩條行車線行走，加上時速限制較低，及沿途燈位較多，自然削弱了消化車流的能力，交通擠塞情況因而變得非常嚴重，試過巴士由屯門公路轉上杯渡路改往青山公路後， 兩小時後也只是到了置樂花園。 1967年香港發生六七暴動[5]，鬥委會指揮暴徒四處縱火及發動連串土製炸彈襲擊[6]，左派暴徒不但破壞電車及放火燒巴士[7]，又襲擊電車及巴士司機等公共交通從業員，並且造成電車乘客傷亡[8]，另有巴士司機罷工，部分路線因而暫停服務。 面對鬥委會企圖通過炸彈襲擊等暴力手段癱瘓全香港的交通[9]，港英政府於是對白牌車放寛執法，白牌車駛入市區載客也不予打擊，因為巴士及電車的路線固定容易遇襲導致服務受阻，白牌車則具有路線靈活的特點，可以避開受阻的道路，輔助維持市區的公共交通[10]。 在此期間，可載9人的白牌車在市區行駛成為常態，而且越來越受到市民歡迎，數目不斷增加，「九人車」亦成為這類小巴的代名詞。
小巴44a: 路线
在2017至2019年期間，公共小巴乘客量每日大約180萬人次，佔整體公共交通服務市場約14%。 [2]根據小巴牌照類別，公共小型巴士可以分為紅色公共小巴及綠色專線小巴兩種，載客量最多為19人。 至於私家小巴為私人公司或機構使用，學校小巴亦為私家小巴的一種。 由港鐵巴士營運的一條路線，於2021年7月26日投入服務，此線起訖點及繞經與K52相同，不同的是此線繞經新屯門中心、龍門居而不經屯門碼頭、三聖邨、置樂花園及屯門市中心，只於星期一至五上午繁忙時間提供服務。 於2022年11月14日起投入服務，途經屯門新墟、屯門市中心、友愛邨/安定邨、兆麟苑及豐景園往來火炭的巴士路線，只限平日繁忙時間提供服務。 於2018年4月9日起投入服務，途經屯門新墟、屯門市中心、友愛邨/安定邨、兆麟苑及豐景園往來石門、馬料水的巴士路線，只限平日繁忙時間提供服務。
- 雖然261線的走線沒有變，但加設往上水方向，由上水站開始往天平邨的分段收費，最初為$4.7，並在2017年7月配合九巴為延續專營權而向政府作出的承諾，把此分段收費調低至$3.5，與同類的區內線270線看齊。
- 由九龙巴士营运的一条路线，途经屯门新墟、屯门市中心、友爱邨/安定邨、兆麟苑及丰景园往来沙田市中心及港铁沙田站的巴士服务。
- [2]根據小巴牌照類別，公共小型巴士可以分為紅色公共小巴及綠色專線小巴兩種，載客量最多為19人。
- 于2023年2月11日开办，途经屯门公路、元朗公路、元朗形点、新田公路、粉岭公路及香园围公路的服务。
- 於1973年7月16日投入服務，2002年7月6日經服務重組後改為由此開出，途經深水埗、金山郊野公園、沙田市中心、馬料水、香港中文大學、大埔滘、雍怡雅苑、廣福邨及大埔墟。
由港鐵巴士營運的一條路線，途經龍鼓灘、踏石角往來屯門碼頭一帶、置樂花園、屯門市中心及港鐵西鐵綫屯門站的巴士服務。 小巴44a 小巴44a 由九龍巴士營運的一條路線，途經屯門新墟、屯門市中心、友愛邨/安定邨、兆麟苑及豐景園往來荃灣的巴士服務。 於1982年5月16日起投入服務，初時以屯門市中心為終點站，2014年10月11日起延長遷往至本站。 因小巴经营模式问题[注 1]，冲红灯和超速的情形颇为常见，尤以红色小巴为甚，这种驾驶行为甚至被市民讥讽为“亡命小巴”。 例如2004年10月22日（重阳节），2架红色小巴于香港北角英皇道因互相抢客而超速撞车，酿成2死17伤意外，结果2名司机于2005年年尾被判罪名成立而入狱。 另外于2006年5月18日凌晨，新界北交通总部特遣队派出2名警员假扮乘客于铜锣湾登上一辆红色小巴，并暗中携摄影机将“飞车”过程拍下，发现该小巴途中至少5次冲红灯、切双白线，另一队警员在青山公路时速限制50公里路段，以雷射测速枪侦察到小巴车速逾100公里。
小巴44a: 班次
由九龍巴士營運的一條路線，提供良景、田景、寶田、建生及屯門市中心往來荃灣及葵涌的巴士服務。 良景邨總站（英文：Leung King 小巴44a2025 Estate Bus Terminus）位於香港屯門田景路良景商場底[1]，在良景邨和田景邨之間，鄰近輕鐵良景站，現時有3條巴士路線及1條專線小巴路線以此處為總站，另外有2條專線小巴路線途經此站。 此總站曾是九巴最西端的巴士總站，於2020年10月10日由曾咀巴士總站取代。 政府為加強對公共交通的管理，歷年均鼓勵紅色小巴轉為綠色小巴經營。
- 另外，261線當時其中一輛車需要柯打960線，而九巴在2005年左右規定，柯打彌敦道、中環及銅鑼灣線的字軌車需使用歐盟二期或以上巴士行走，故當時261線曾使用一輛11米版本的富豪奧林比安型(AV)作為掛牌車。
- 另一方面，綠色專線小巴團體希望放寬政府小巴座位上限，根據小巴團體委託香港大學民意計劃所作調查顯示，六成半人認為放寬有助縮短候車時間，以及紓緩擠塞[24]。
- 1996年，机场核心计划大部分工程已完成，而昂船洲亦正式能以车辆到达，此路线亦应运而生，于1996年12月1日投入服务，当时称为48M，后来路线编号改为44M。
- 於2013年7月17日起為配合私人住宅瓏門的大型商場V City落成而投入服務。
- 屯門（兆康苑）開經：兆康路、青麟路、藍地交匯處、青山公路（藍地段、洪水橋段）、洪天路、洪志路、洪天路、天水圍西交匯處、元朗公路、新田公路、粉嶺公路、掃管埔路、新運路、龍琛路同天平路。
1978年，各小巴陆续安装了车头顶地点牌箱，以便清楚地显示行车目的地。 小巴44a2025 政府于1988年2月23日批准小巴由14座位增加至16座位，部分小巴商会曾经要求政府放宽座位数目至20座位，但是政府认为小巴为辅助性交通工具，及受到保护铁路政策等限制而不被接受。 小巴44a 小巴44a 小巴44a2025 自「北區區域性巴士路線重組」實行起，此站為全香港第一個轉車站，獲冠以「上水轉車站」稱號，與華明巴士總站成為區內兩大轉車站，作為區內線與對外長途線間之轉駁點。 此路線與新巴792M線同樣連接將軍澳新市鎮至西貢市中心，惟小巴車程較快，更使用車海戰術，吸引不少乘客，中途站乘客經常難以登車。
小巴44a: 九龍巴士12P線
红色公共小巴因路线不受政府规管，所以路线较有弹性，往往可以使用更畅通的路线以更快抵达目的地（例如由新界往旺角／佐敦道的路线会取道介乎界限街和柏树街之间的大南街），对于乘客和经营者而言，“灵活”是红色公共小巴的优点。 惟上述小巴在此組路線服役多年後，經常出現大大小小的機件故障，導致維修成本大大增加。 直至本文發出為止，上水車廠繼續派出一輛巴士行走261線，但已改以ADL Enviro 500 小巴44a2025 MMC型(ATENU)為掛牌車，但經常以其他車型行走。
小巴44a: 新界区专线小巴43B线
這個新趨勢令非空調Echo小巴於其後10年間極速消聲匿跡，香港小巴市場則形成「三雄鼎立」的局面；經過多年汰弱留強，最終日產被完全趕出香港小巴市場。 為了加強小型巴士行車安全，運輸署於2012年修改法例，強制新入職的公共小型巴士司機必須修讀職前課程，學員通過筆試及駕駛考試後方才獲得頒發公共小型巴士駕駛執照。 2013年運輸署招標承辦小型巴士司機職前訓練學校，接獲6份標書，新規定已於2015年6月1日生效。 紅色公共小巴，俗稱紅VAN、紅巴，是最初的公共小巴，當時以車身中央髹上紅色色帶（所以行內俗稱紅色小巴為紅帶）以茲識別。 1990年代，運輸署為擴大車身廣告的展示空間，建議將小巴的識別色髹於車頂，「紅頂」的暱稱因此而來。 於2022年7月17日投入服務，途經菁田邨、和田邨、欣田邨、兆康苑、屯門醫院、建生邨、良景邨、田景邨及山景邨循環往來屯門站。
小巴44a: 乘客公審BB車上小巴：阻住全車人 反被網民炮轟欠同理心勸坐的士
城巴56線是香港一條新界巴士路線，由城巴有限公司營辦，於2022年7月18日投入服務，來往屯門（菁田及和田）及上水（天平），途經兆康苑、元朗公路、新田公路及上水站，全程收費為$15.3[5]。 56線只於星期一至五（公眾假期除外）非繁忙時間提供服務，繁忙時間之服務由來往屯門（菁田及和田）及粉嶺皇后山的支線56A提供，其服務範圍覆蓋56線未有途經的聯和墟及皇后山。 在屯門公路封閉期間，新界西北居民會改用新田公路及粉嶺公路前往上水，並在上水轉乘九廣東鐵前往市區。 因此，九巴在屯門公路發生事故，導致交通癱瘓時，會臨時開辦60P線，按情況決定單向還是雙向來往屯門市中心至上水火車站，並途經元朗。
小巴44a: 香港小型巴士
由於261R線被定位為假日服務路線，九巴根據假日路線收費標準定價。 由于海丽邨在设计时原定属于居者有其屋，加上预料居民为中产人士及原公屋富户，政府也贯彻以铁路为主要交通的政策，在本站开办数条途经或以铁路车站为总站的巴士或小巴路线，希望本邨居民以使用铁路为主，因此本邨内的交通交汇处的面积较细。 但由于本邨后来改以公共屋邨出租，而居民大多是基层人士，加上本邨的地理位置不接近铁路站，使到本交汇处在引入数条对外的巴士路线后，由于需求大，开始逐渐饱和，更出现两条巴士路线共用同一条路坑或巴士需转弯直出才能登车的情况。 九龙区专线小巴44S线为香港一条九龙区专线小巴路线，由首亨营运，来往海丽邨及青山道，方便海丽邨、泓景台、昇悦居、宇晴轩及碧海蓝天一带的居民来往保安道街市一带。 九龍區專線小巴44S線為香港一條九龍區專線小巴路線，由首亨營運，來往海麗邨及青山道，方便海麗邨、泓景臺、昇悅居、宇晴軒及碧海藍天一帶的居民來往保安道街市一帶。 由九龍巴士營運的一條路線，提供屯門良田區、建生、新墟及屯門市中心往來長沙灣及旺角的巴士服務。
小巴44a: 途經
環保署與運輸署合作於2000年間推行「另類燃料小巴測試計劃」，旨在研究另類燃料小巴的可靠程度，從而逐步推行小巴另類燃料化，減低整體碳排放。 參與是次計劃的小巴生產商共有四間，共派出15輛另類燃料小巴作為測試，其中以豐田的石油氣版本Coaster最多，達8輛；退出香港市場多年的日產亦派出一輛石油氣版本的Civilian；同時亦有福特的兩輛石油氣Transit小巴，以及四輛環力Zen電動小巴。 經過一連串測試，最終只有豐田Coaster試驗成功，石油氣成為現時主要的小巴燃料，截至2006年6月，超過一半的公共小巴為石油氣小巴。 其實，石油氣小巴佔有率超過一半的原因除了得到政府資助之外，還有就是從2002年起，豐田Coaster的柴油版小巴只有長陣，普通短陣只能提供石油氣版，對於著重車輛靈活性的業內人士有所局限。 但是經過各方用戶的反映，豐田於2008年終再度推出短陣柴油版Coaster小巴供用家選擇。
小巴44a: 總站路線資料（專線小巴）
由九龙巴士营运的一条路线，途经屯门新墟、屯门市中心、友爱邨/安定邨、兆麟苑及丰景园往来荃湾的巴士服务。 小巴44a 于1982年5月16日起投入服务，初时以屯门市中心为终点站，2014年10月11日起延长迁往至本站。 荔枝角站啟用初期，由於車站設於長沙灣工貿區，因此平日時間（即星期一至星期五全日，星期六上午及下午）都有唔少乘客返放工同交收貨物，非常繁忙，而且茘枝角站係最近深水埗運動場嘅港鐵站，所以亦有唔少參加陸運會嘅學生使用。 西九龍新填海區屋苑或屋邨（泓景臺、昇悅居、宇晴軒、海麗邨等）入伙，使部份居民利用車站搭港鐵前往市區。 而且附近設有成衣批發嘅購物中心，加上新落成同起緊嘅新式商業大廈及酒店，都令荔枝角站人流不斷上升。
小巴44a: 九龙巴士B9线
新界區專線小巴44A線是由冠榮車行旗下的運泰實業營辦的一條專線小巴線，來往屯門站至上水站[1]，途經屯門工業區、大興邨、良景邨、建生邨、屯門醫院。 九巴70線於2008年12月6日最後一天提供服務，大量巴士迷晚上聚集上水總站歡送；當中有部分更乘搭翌日在佐敦開出的尾班車。 有關事件的網上討論，請參閱香港網絡大典「九巴取消70號線事件」條目。 與巴士總站相連的「上水站小巴總站」（Sheung 小巴44a Shui Station Minibus 小巴44a2025 Terminus）[1]，位於新運路與上水廣場之間，提供區內接駁及往返屯門區的特快服務。 此站鄰近港鐵上水站，過境巴士文錦渡快線及沙頭角快線的香港總站亦設於此，其營辦商將此站名為「上水廣場」（Landmark North）。
小巴44a: 巴士總站
但是经过各方用户的反映，丰田于2008年终再度推出短阵柴油版Coaster小巴供用家选择。 上水（天平）開經：天平路、龍琛路、龍運街、新運路、龍琛路、龍運街、新運路、掃管埔路、粉嶺公路、新田公路、元朗公路、洪天路、洪志路、洪元路、洪水橋田心路、田廈路、青山公路（洪水橋段、藍地段）、藍地交匯處、青麟路同兆康路。 屯門（兆康苑）開經：兆康路、青麟路、藍地交匯處、青山公路（藍地段、洪水橋段）、洪天路、洪志路、洪天路、天水圍西交匯處、元朗公路、新田公路、粉嶺公路、掃管埔路、新運路、龍琛路同天平路。 現時此路線與新界102、102B、102S及111線合共使用65輛豐田Coaster小巴行走，包括20輛16座位小巴及44輛19座位小巴。 小巴44a2025 2015年，九巴繼續派出載客量低的12米特低地台巴士行走，主要是Neoplan 小巴44a Centroliner型(AP)，隨後改為Enviro 500車身的ADL Enviro 500型(ATE)及富豪B9TL型(AVBE)。
本线是唯一一条两边总站分别位于港铁东铁线及屯马线车站，而又不是接驳港铁两线的新界区巴士路线。 小巴44a2025 后来运输署拟修例要求所有专线小巴安装车速限制器，此线一度被列入可放宽时速限制至100公里的少数路线之一，在区议员强烈反对下未有实施放宽车速限制，现时大部分用车亦已锁速至时速80公里。 為配合該項改動，由2011年2月13日起，261來回程改經屯興路及青山公路（華都花園／屯門市廣場），不再經杯渡路及屯門鄉事會路（屯門公園）。
小巴44a: 使用車輛
由于在市区载客行驶容易被发现及检控，当时的白牌车主要在新界行驶。 白牌车的收费比巴士略高，但比的士便宜得多，因为不需经常停车上落客，行车时间比巴士短，但由于是非法经营而良莠不齐，白牌车偶尔因超速或非法改装而发生伤亡意外，部份匪徒亦曾利用白牌车作为行劫的交通工具，警方因而曾经大力扫荡。 小巴44a2025 提供景峰花园、新墟、屯门市中心、友爱、安定及兆麟苑来往机场的特快巴士服务。
2020年6月22日，新巴702A線起點延長至海盈邨，同年7月22日起取消下午班次，由7月22日開辦的702B線取代。 薄扶林數碼港道傍晚發生嚴重交通意外，事故中一輛專線小巴剷上行人路翻側，釀成4人傷，傷者由救護車送院治理。 2020年2月，因受新冠肺炎疫情影響，客量大減，行走此路線的大部分16座小巴被封，只有需同時行駛44A1線的MB7824及LY6294、LY6546、MD1466、MD5156可避過一劫。 小巴44a 至2020年6月因疫情緩和，行走此路線的16座小巴開始解封復出。 此路線共獲派17輛Enviro500 MMC 12米（ATENU）雙層巴士作掛牌車，用車會調走38、42C、42M、44M、243M、248M及249M線。
小巴44a: 收費資料
在清明時節本線的客量便會激增數倍，新巴便會自行加密班次及派出12米低地台雙層空調巴士行走本路線。 另外，此路線服務質素經常為人詬病，早上繁忙時間服務供不應求，沿線中途站大排長龍，居民怨聲載道[13][14][15]。 小巴44a 更甚者，車長不依正常路線行駛及拒絕接載屯門區內的短途客[16]，結果運輸署要求九巴開辦一條每天全日往來屯門至上水巴士路線，冀以引入競爭從而逼使小巴營辦商改善服務，反而遭營辦商強烈反對。 在不斷角力下，九巴261線終於在2000年6月4日起投入服務，更於2004年2月15日起繞經兆康西鐵站（現稱兆康站），與此路線構成競爭。 44A線是唯一全日來往屯門西北及北區的公共交通服務，加上往返兩地需求極高，因此班次極度頻密，而且座無虛席，尤其以繁忙時間為甚，即使開辦輔助線44A1，長年滿座及難以登車的情況仍然繼續。