以城大为例,学校里共有11个Hall,包括10栋本科生舍堂和1栋博士生舍堂。 舍堂基本是男女混住,一般为两人间,每两间共用一个独立卫浴。 另外,有一个每年选举产生的宿生会,负责争取宿生的权益和举办活动。 我做过一年的宿生导师,负责Hall内财务和会计的工作,以及组织语言类和音乐类的活动。
除 barcode 外,位于 blacklist 区域或管家基因中的特征(如 peak)也可以被滤除。 因此,必须根据样品的特征(如数据的整体结构、异质性、可能存在的细胞类型、批次或测序平台)仔细选择 QC 标准的组合。 但目前针对 scATAC-seq 数据分析的最佳方法尚无共识。 本综述讨论了 scATAC-seq 技术和数据分析方法,从预处理到下游分析,并列举了涉及相关方法应用的已发表研究。
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整合分析的实验方法侧重于同时从同一细胞获得转录组和表观基因组数据。 多模式单细胞分析方法 sci-CAR 对 scRNA-seq和 scATAC-seq 都采用了组合索引方法提高通量。 另一种方法是 scCAT-seq,将细胞质组分和细胞核分离,分别进行 scRNA-seq 和 scATAC-seq。 SNARE-seq 利用链接 barcode 在单个液滴中捕获转座的 DNA 片段中的 gDNA 和细胞核中的 mRNA,从而对使用相同 barcode 的细胞进行平行测序。 该方法用化学试剂固定细胞,然后对单个细胞分选进行批量转座,以降低成本并简化总体程序。 使用多种模式的单细胞技术,可以将染色质的可及性直接与基因表达进行比较,以了解顺式/反式调控元件与相关基因表达之间的功能关系。
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希望本综述为如何适当使用软件工具和数据库研究单细胞分辨率下的染色质可及性提供指导。 在 ATAC-seq 技术发展的两年内,引入了两种不同的单细胞适应策略:一是基于 split-and-pool 的原理为单个细胞标记上独特的 DNA 出pool2025 barcode。 例如 sci-ATAC-seq;另一个是微流体方法,例如使用 IFC。
GchromVAR 为改良版的 chromVAR,对每个单细胞进行 GWAS 富集评分,以特定于细胞类型的方式鉴定基因组区域中的因果变异以及这些变异的推定靶基因。 利用共可及性测定可以分析与 GWAS SNP 和 GTEx eQTL 重叠的互联 peak 出pool2025 与其他包含调控因子的 peak。 GREGOR 还用于注释来自不同数据库的疾病相关 出pool2025 SNP 的富集。 最近的一些研究还用深度学习和机器学习框架等更复杂模型来识别细胞类型特异的功能 SNP 和相关新功能基因。
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错误的细胞身份信息可能会在 scATAC-seq 数据的下游分析期间导致错误的生物学假设。 尽管有许多工具可以对 scRNA-seq 数据自动进行细胞类型注释,还可以从各种数据库中获得细胞类型特异性基因列表,但对于 scATAC-seq 数据仅有有限的工具和特定细胞类型染色质可及性的参考数据集。 出pool 因此,对于 scATAC-seq 数据,必须结合使用补充方法进行细胞群注释。
原始 peak 或根据调控因子注释的 feature 使数据呈多元化。 尽管大多数分析流程用定义和注释基因组区域作为单一组合,但某些流程针对下游分析的不同目的而适应各种合适的矩阵。 基因组区域的定义可以根据样品的特定信息来分类,feature 注释可以随感兴趣的调控元件而改变。 样本的特定信息包括利用公开数据中的bulk ATAC-seq的peak、scATAC-seq 数据中的集合或合并 peak。
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Sci-ATAC-seq 可以对约1500个细胞进行测序,中位读数为2500,碰撞率约为11%。 而 IFC scATAC-seq 利用 Fluidigm C1 设备捕获单个细胞并在 IFC 上进行转座和PCR。 尽管此方法每个细胞可以获得超过70000次读取,但最多只能并行处理96个细胞。 最近,10x Genomics Chromium 装置基于微流体的方法,使用 GEM 捕获单个被转座的细胞核。
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本研究資料由《KEYPO大數據關鍵引擎》提供,分析時間範圍為2018年11月09日至2019年11月08日。 放假休息的時候不要一直宅在家中,緣份是不會自動送上門呢! 有時間就多出去參加不同的興趣班﹑社交活動和聚會,增加認識新朋友的機會,同時也增值自己,令自己變得更有內涵。
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因此,使用者需要充分考虑课题组的条件是否能达到以上要求。 (3)物种:特定的CRISPRLibrary中的gRNAs对于特定生物体的基因组是唯一的,并且文库只与来自该生物体的细胞兼容。 (4)library骨架:如骨架中已有Cas9,则直接使用即可;如骨架中无,需要搭配使用Cas9质粒或者要求细胞本身就表达Cas9。 大多数单细胞测序技术的 QC 标准都基于每个细胞对应 barcode 的读段数目(测序深度)和特征数目,过低或者过高的数值可能是由于低质量细胞或者多细胞引起的。 根据 出pool2025 scATAC-seq 数据的特性也响应产生了更丰富的 QC 指标,如 FRiP、启动子区域读段比例、blacklist 位点读段比例及 TSS 富集分数等。 此外,没有显示出高质量 出pool2025 ATAC-seq 数据的核小体结合模式的细胞也可以被去除。
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MySQL作为一个存储系统,同样具有缓冲池(buffer pool)机制,以避免每次查询数据都进行磁盘IO。 创建子进程时,只需要传入一个执行函数和函数的参数,创建一个Process实例,用start()方法启动,这样创建进程比fork()还要简单。 通过这个例子,我们还可以想象,把GFP细胞换成肿瘤药耐药细胞如厄洛替尼,将FACS分选换成给药+不给药两组,一定时间后检测两组细胞的sgRNA丰度差别,则可以找到厄洛替尼耐药相关的基因。 黃正宜本身是電台忠實聽眾,於高級程度會考中考獲2A2B1C,地理獲A [16],放棄修讀父親建議的法律系,入讀香港中文大學新聞與傳播學院並獲得獎學金。
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